大豆菌核病是真菌引起的病害，主要发生在大豆成株期。最早出现在主茎下部的分枝处，形成水渍状病斑，形状不规则，病斑向上、下扩展，呈浅褐色或近白色，后期病斑环绕茎部，使病部以上茎叶干枯，病株容易倒伏。发病部位着生白色棉絮状菌丝及白色颗粒状物，后变黑色，类似鼠粪，为病菌的菌核，很容易脱落。纵剖病秆，中空，可见黑色圆柱形菌核。干燥条件下病株纵向撕裂，维管束外露似乱麻。苗期染病茎基部褐变，呈水渍状，湿度大时长出棉絮状白色菌丝，后病部干缩呈黄褐色枯死，称苗枯。叶片、豆荚染病形成叶腐和荚腐。