研究发现，生态系统中百菌清的相关累积，降低了生物多样性，分解作用和水体洁净度，增加了溶解氧和净初级生产力，造成的后果是藻华的出现，这与富营养化的作用类似。该杀菌剂对生态系统功能指标并无直接的可检测到的影响，但是能通过降低生物多样性间接的影响生态系统的功能。结果显示，即使在较低的浓度下，百菌清能引起对两栖动物腹足动物，浮游动物，藻类及池塘杂草类植物的死亡，显著降低淡水中的生物多样性，杀菌剂还能降低对废弃物的分解速率。虽然一些生物能从农化物的危害中重新恢复过来，而对昆虫和小龙虾的数量影响不可忽略，主要原因是被捕食性动物受到的杀菌剂影响的不可逆的，增加了被捕食的几率。简单的说，百菌清对一些巨大的节肢动物比其他物种的影响要小，然而，百菌清的出现使得生态系统从根本上被改变了。

 

研究结果显示，在生物多样性下降与生态系统的量化指标有明显的线性关系，对生态系统功能的影响将可以运用对食物链上功能群之间相关性的基本认识，以及某个功能群是生态系统的关键节点的认识，来进行预测。这些数据说明，需要对百菌清环境影响进行重新评估，而其他广谱杀菌剂，也有可能与百菌清类似，引发间接的对生态系统的影响。

 
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