深圳华大基因研究院分别与中国科学院遗传与发育生物学研究所、中国农业科学院作物研究所等单位合作完成了普通小麦A、D基因组供体乌拉尔图小麦（Triticum urartu，AA）及粗山羊草（Aegilops tauschii, DD）的基因组测序及分析工作。这两项研究成果于2013年3月25日在同期《自然》（Nature）杂志上在线发表。小麦A、D基因组研究成果将为科研工作者研究小麦进化史提供全新的视角，为多倍体小麦遗传育种提供宝贵资源。此外，本研究还将有助于应对当前全球粮食安全问题所带来的挑战，从而进一步推动农业的可持续发展。

当今作为主流粮食作物的普通小麦是一个异源六倍体，由A、B、D三套子基因组共同组成，其基因组达16Gb之多，为小麦的分子生物学及基因组学研究带来巨大的挑战。基于前期研究已经证实D基因组的祖先供体来源于粗山羊草DD，而乌拉尔图小麦AA则是A基因组的供体，对这些小麦的祖先供体基因组进行测序，对全世界研究小麦的科学团体具有十分重要的意义。

乌拉尔图小麦是驯化及遗传改良中占据重要作用。通过对其基因组的测序、组装、注释及相关基因的深入分析，研究人员发现，乌拉尔图小麦基因组中与抗病相关的一些基因发生了扩张，使其抗病能力得以增强。该研究还用全基因数据证实，重复序列扩张对于小麦家族进化过程中基因组大小的增加至关重要。同时，研究人员还鉴定出了重要作物性状相关基因，如与水稻中控制谷粒长度GASR7的同源基因TuGASR7，通过关联分析证明该基因参与控制小麦籽粒长度和粒重。此外，该研究还筛选出大量的遗传分子标记，将有助于通过基因组分子标记辅助选择促进分子育种。

研究人员通过对粗山羊草进行测序、组装及注释，对其基因组进行了深入详尽的分析。通过全基因组分析，研究人员发现大量与抗病能力相关的基因（如NBS-LRRl基因等）所发生的显著扩张增强了小麦的抗病性；与对抗非生物应激反应相关的基因所发生的扩张，增强了小麦的抗逆性及适应性；此外，与小麦特有品质相关的基因扩增，促使小麦的品质性状得到改良，从而成为唯一能够制作馒头、面包、饺子等多种食品粮食作物。研究人员还在粗山羊草基因组中鉴定出大量的转座子，使小麦的基因组迅速膨大。据推测，基因组膨大约发生在300万年前，可能与当时地球的气候变化有关。

小麦D基因组的供体种粗山羊草遗传多样性丰富，其中蕴含着许多优良基因。D基因组框架图的构建及开发利用将有助于进一步丰富小麦遗传多样性、促进其品种改良。