农田耕作因长期过度施用化肥造成土地日益板结、酸化，并造成水体、环境污染。随着人们环保意识的不断提高以及绿色食品和生态农业的发展，开始考虑减少化肥用量，增加微生物肥料。微生物肥料是一种无毒、无污染和无公害的新型菌肥，可帮助人们保持生态平衡，改造自然，建立土壤的良性循环功能体系，逐渐减少化肥施用量，从而获得更好的经济效益和生态效益。
 
微生物肥料是一类活菌制品，它的效能均与其菌类活性及使用方法有直接的关系。主要特点有：
 
1、微生物肥料的核心是指品种特定的有效的活微生物，任何一款产品的有效活菌数都有明确的规定，有效活菌数降到一定数量时，它的作用也就没有了。
 
2、微生物肥料是一类农用活菌制剂，从生产到使用都要注意给产品中微生物一个生存的合适环境，主要是水分含量、酸碱度、温度、载体中残糖含量、包装材料等等。
 
3、微生物肥料作为活菌制剂有一个有效期问题。当产品刚生产出来时活菌含量较高，但随着保存时间和不同的运输、保存条件的变化，产品中的有效微生物数量逐渐减少，当减到一定数量时其有效作用显示不出来。因此，要在规定产品的有效期内正确使用才能发挥微生物肥料的作用。
 
4、注意适用作物和适用地区，是保证微生物肥料有效作用的重要保证。如低温、干旱地区、盐渍化土壤等，微生物肥料功效就会降低，因土壤环境不利于微生物生存和扩繁。
 
5、需注意的是微生物肥料只是一种辅助增产肥料，单独使用生物肥料时满足不了作物对营养元素的需要，微生物肥料的增产效果是有限的，不可替代化肥和有机肥。