种植大豆前，选择合适的品种对将来可能发生的病害十分重要。来自美国俄亥俄州立大学的植物病学家总结了如何通过选择大豆品种来防治大豆病害的方法。

目前发生在大豆上的主要病害包括疫霉根腐病，大豆异皮线虫，籽苗病，蛙眼叶斑病等，一般通过种子处理剂和其它的方法可以得到有效的控制。

但是疫霉根腐病和茎腐病的防治相对困难，因此需要谨慎选择种子品种中所含的的基因。经过他们最新的研究发现，很多携带单一抗病基因的大豆已经不能有效抗病，或者在逐渐失去抗病能力。其中，Rps1a基因已经不再有效，10年前开发的Rps1c和Rps1k抗病基因效力下降了50%， 并且效力还在继续降低，抗病的关键在于谨慎选择合适的抗病基因，但是它们却已经不再像之前那样有效。此外，科学家还发现，在所研究的大豆田中，疫霉菌已经对携带抗病单一抗病基因的大豆产生了抗性。所以选择大豆种子时，必须注意其中所含的抗病基因组合，如果土壤排水不畅，疫霉根腐病对大豆产量威胁最大，根据大豆中所携带的抗病基因组合，造成的减产约5到30蒲式耳每公顷。

对于防治大豆异皮线虫（SCN, soybean cyst nematode），则建议在种植前对土壤进行测试，判断土壤中是否感染了大豆异皮线虫。 按照病害综合治理方法，只有在SCN产生抗性的情况下，才不需要进行检测，而直接种植无抗SCN基因的大豆品种。

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