化学肥料的应用对于粮食单产的提高、保障农产品的供给起到了很好的推动作用。但是，长期过量不合理的化肥使用，加上农药与除草剂残留、重金属与抗生素污染等，破坏了土壤的活力，导致土壤不堪重负，耕地生产力下降。
微生物肥料具有提高农作物产量、改善品质、增强作物抗逆性、提高化肥利用率、改善土壤活性等功能。微生物是解决农业可持续发展问题的突破口，将引领未来肥料产业发展，支撑中国农业的可持续发展。
目前，我国微生物肥料主要有三类，分别是农业微生物菌剂、生物有机肥、复合微生物肥料。我国微生物肥料企业总数目前在950个以上，年产量1000万吨，年产值150亿元。截至2014年6月，农业部登记注册的产品有2015个。我国微生物肥料每年应用面积超亿亩，大多数在蔬菜、果树、中药材、甘蔗等经济作物上使用。
近年来，我国高度重视生物肥料产业的发展，国务院发布的《生物产业发展规划》，把生物技术定位为未来发展的战略性新兴产业之一，生物肥料列入科技部发布的《“十二五”生物技术发展规划》重大生物产品之一。到目前，国家跟进的支持生物肥料产业化发展的项目接近10亿元人民币。
与国外相比，新的功能菌种的研发、科学合理的工艺、产品质量的提高、生产成本的降低、应用效果的稳定等问题，仍是我国微生物肥料产业面临急需解决的课题。未来，有机物料腐熟菌剂、土壤修复菌剂、根瘤菌剂和溶磷菌剂，果树、蔬菜等经济作物专用的功能菌剂、生物有机肥、抗旱菌剂等产品，将成为研发推广的热点。
