来自德国的一个研究组织对多个和玉米黑穗病有关的重要基因进行了研究，对玉米丝黑穗病和玉米普通黑穗病致病真菌的基因组进行了分析比对。研究结果发现，这两种真菌分别入侵作物的不同组织，普通黑穗病仅感染作物的叶，穗和雄花，而丝黑穗致病菌可以感染植物的所有组织，却只会在作物的花上出现症状。

研究人员发现，这两种真菌感染的宿主细胞的效应器蛋白中90%的基因编码是相同的，仅在编码序列上有区别而已。研究人员已经确定了这两个基因组中43个序列不同的区域，发现这43个区域中包含所有普通黑穗病致病真菌的基因簇，此外，科学家还任意选择了6个“差异区”，发现：其中4个和普通黑穗病致病菌的毒性有关，其中一个和蛋白质分泌无关。

这些真菌的基因差异造成了它们通过不同的方式感染宿主，种间基因的差别也造成了它们不同的“生活方式”，这些不同也是由于宿主对这两种真菌的“进攻基因”进化出了不同的防御方式，研究人员也指出，这些差别，也是这两种真菌和宿主之间“军备竞赛”的产物，三者之间的一个出现任何的变化，都会使得另外两方“进行反击”之后再相互适应。

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